從明萬曆十一年到明萬曆十二年（公元1583年-公元1584年）這兩年時間裡明軍的自衛反擊，以勝利而告結束，至此緬甸軍民宣慰使司東籲王朝的勢力基本上被趕出了木邦軍民宣慰使司、孟養軍民宣慰使司、蠻莫安撫使司，等廣大地區。

而叛國投緬的明偽隴川宣撫使：嶽風，及其子：嶽襄烏，被押送到大明帝都北直隸京畿順天府紫禁城內處死，邊境地區的土司們紛紛重新歸順到大明帝國門下。

7月13日負責籍沒前任明內閣首輔：張居正，府中財產的官兵們開始登記人口，封鎖門戶大批人員餓死或者被殺，正當處置年近80多歲明一品詔命夫人：張老太，眼見目睹孫媳們一個個投環求死不得，複用匕首刺目，血流不止，左目遂瞎。

而先前長孫明禮部主事：張敬修，被抓下獄自殺，次孫明翰林院編修：張嗣修，被發配邊疆充軍（待罪之身）三孫明江陵縣狀元：張懋修，投井自殺未成功又絕食自儘也失敗，一同被發配邊疆充軍。

四孫明南鎮撫司錦衣衛指揮同知：張簡修，是武壯士出生又娶了明陝西三邊總督兼北直隸刑部尚書與南直隸兵部尚書：王之誥，的女兒因此隻是被貶為庶民。

唯有五孫明尚寶司司丞：張允修，聽聞風聲之後逃到荊州府江陵縣老家山林之中隱居起來，以及六孫：張靜修，年紀尚幼未授予官職，在親朋好友幫助下逃到德安府應城縣躲過一劫。

就在官兵們動手抓捕明一品誥命夫人：張老太，上奏準備用刑之際明內閣首輔兼文淵閣大學士：申時行、明都察院左副都禦史兼刑部尚書：潘季馴，有些於心有不忍，上疏明神宗，認為（治張閣老之獄太急，至於奄奄待斃之老母，煢煢無倚之諸孤，行道之人皆為憐憫）

但是明神宗：朱翊鈞，看後有些不悅，恰好明都察院江西道監察禦史：李植、明都察院河南道監察禦史：江東之，等人與明內閣首輔兼文淵閣大學士：申時行、明吏部尚書：楊巍，互相攻擊彈劾對方，明刑部尚書：潘季馴，則幫助內閣打壓其餘彈劾官員。

於是明都察院江西道監察禦史就以黨庇張居正，「朋黨奸逆，誣上欺君」言辭刻薄，呈交給皇帝陛下觀看，讓明神宗大為喜悅，即刻就令明刑部尚書自辯，誰知明刑部尚書上疏認罪，卻被削籍為民。

8月初5日廣西都指揮使司平樂府平樂縣境內的平樂守禦千戶所，發生因軍餉分賞不均，而導致士兵們鬨事，殺死打傷了四十餘人，並逮捕明平樂縣知縣：王佩搖，企圖索要糧餉。

當地州府立刻命令官兵前往討伐，參加兵變者幾乎全部被殺儘，首要分子明平樂守禦副千戶：徐凱，被俘不屈自縊身亡。

之後由明都察院右副都禦史兼廣西巡撫：吳文華，奏報朝廷，明神宗：朱翊鈞，特此下令將明平樂府知府：周祈，逮捕入京問罪。

9月13日，朝廷升孟密安撫使司為孟密宣撫使司，並任命明騰越州副總兵：劉綎，為臨安府、元江軍民府左參將，移鎮蠻莫安撫使司。

為了對付緬軍的象陣，明臨安府兼元江軍民府左參將：劉綎，還買了大象，臨陣演習兵馬衝鋒，這些措施鞏固了雲南承宣布政使司的邊防，也加強了抵禦緬軍入侵的力量。

10月22日明平樂府知府被押解至京，明神宗欲重治其罪，因閣臣搭救，才從寬處置革職為民。

12月11日建州左衛軍民指揮使司女真部族人們認為，朝廷既以授封愛新覺羅·努爾哈赤為建州左衛軍民指揮使，而他卻不領情！還依然在練兵準備攻打明蘇克素滸河部圖倫城主：佟佳·布庫錄（漢名：尼堪外蘭），導致他的四族叔：愛新覺羅·龍敦，又起殺意，甚至有些反對他掌管衛所事務。

他唆使了明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，的庶母弟（堂弟）：愛新覺羅·薩木占，合謀由兆佳城主：李岱，出面去導引，海西女真哈達部搶劫建州左衛軍民指揮使司治下的瑚齊寨。

而愛新覺羅·薩木占則謀害了明建州左衛軍民指揮使的得力助手，練兵主帥既；明建州左衛軍民指揮使的妹夫，明建州左衛軍民指揮同知：噶哈善·哈思虎，致使建州女真左衛兵馬無人訓練。

但明建州左衛軍民指揮使並沒有閒著，他一心想要統一女真各部，便決定先穩住族內勢力，再圖出征之際。

明萬曆十三年公元1585年正月19日，四川都指揮使司治下的敘州府敘南衛建武守禦千戶所士兵驕縱，不聽節製，並要求預給當月錢糧。

明敘州府總兵：沈思學，得知消息後下令革去鬨事官兵，引得其餘士兵們不服，連夜發生嘩變起事，放火焚燒了總兵府官署，還打傷沈總兵，就連明四川巡撫兼都察院右僉都禦史：雒遵，都控製不了這個局面。

隻得上奏給朝廷請求明神宗派兵鎮壓，並把明敘州府總兵革職查辦。

正月21日明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，獲悉海西女真哈達部是被內部人員引誘進來這個情況後，他決計先發製人，向兆佳城主：李岱，發動攻擊。

時值大雪紛飛，建州左衛軍民指揮使司女真兵由瑚齊寨至兆佳城，需要翻越噶哈嶺，此處山勢陡峭，道路難行。

士兵們剛到達嶺前，便有人畏怯意圖後退，明建州左衛軍民指揮使得知後，一方面曉喻兵將樹立信心，另一方面則周密布置，他率先鑿山為磴，命令士卒們用繩子連馬，前拉後推魚貫而上，很快就圍困住了兆佳城。

而兆佳城主事先接到密報，已聚兵登城早有戒備，讓明建州左衛軍民指揮使見狀不得不親自身先士卒奮力強攻。

明建州左衛軍民鎮撫使：鈕祜祿·額亦都，率先登上城牆率兵跟進，守城女真兵力不能支，出現全線潰敗的情況，導致兆佳城主被俘。

同時在北直隸京畿順天府紫禁城內，明神宗召明通政使司左通政：海瑞，為南直隸都察院右僉都禦史，命他即刻赴任。

當時明南直隸都察院右僉都禦史：海瑞，已經七十二歲了，他直言上疏稱自己衰老垂死，願意效仿古人屍諫的意思，並列舉出明太祖吳王洪武高皇帝陛下刑法，剝人皮裝上草製成皮囊，以及定律枉法多達八十貫判處絞刑的規定。

並且還說應當用這樣的方法，來懲治貪汙，其它謀劃時政，言語極為切實，隻有勸皇帝用暴虐刑法才能治國。

然而當時南北直隸都察院官員們評議，都認為這樣做是錯誤的？故此由明都察院經曆使：梅鶤祚，出面彈劾明南直隸都察院右僉都禦史。

好在明神宗明察秋毫認為明南直隸都察院右僉都禦史言論雖有過失，卻清楚的意識到海大人的忠誠，為此隻是免去明都察院經曆使的俸祿，並改任海瑞為南直隸吏部右侍郎。

3月10日，朝廷下令明元江軍民府知府：那恕，去招撫明車裡軍民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年間，車裡軍民宣慰使司就曾以大車裡（既；宣慰使司南部）應緬甸軍民宣慰使司，而以小車裡（既；普洱縣一帶）應大明。

這次在明軍對緬甸軍民宣慰使司的自衛反擊戰中，取得了勝利的形勢下，明車裡軍民宣慰使才複歸大明，進獻訓象、金屏、象牙諸物，謝罪。

在這種情況下，明神宗不計前嫌恢複了他的車裡軍民宣慰使的官職。

4月初10日禮部重修「大明會典」，要刑部提供有關法律資料，明刑部尚書：舒化，與明吏部尚書：楊巍，遂選輯自明嘉靖三十四年公元1555年曆次詔令以及〈宗藩條例〉、〈軍政條例〉、〈捕盜條例〉、〈漕運議單〉中與法律相關的條款，以律令為正文，以事例為附注，共三百八十二條，彙編成書，定名為〔問刑條例〕。

5月19日明神宗早朝退了之後，以平台方式召見明內閣首輔：申時行，等官員們商議大事，明陝西巡按兼都察院廣西道監察禦史：董子行，趁機上奏疏稱“巡撫、巡按，官員當親自巡曆地方，不可推諉給其餘將吏，巡撫宜久任，沿邊兵備道官員宜加優待，沿邊同知、通判等官員宜慎選用，破格遷除。”

此刻明神宗：朱翊鈞，則回複道“董愛卿所言甚是，邊疆之事重大，若巡撫、巡按，官員不親曆地方專委小官，豈不誤事也！”

但明內閣首輔：申時行，等官員卻上奏說“就如陛下所言，邊疆之事全賴巡撫、巡按，官員他們每年巡曆地方，而下人不敢欺騙，自能儘心料理，若巡撫久任，卻不惟人才得以展布，發揮作用，而百姓亦得相安無事。”

明神宗則說“巡撫久任者，寧可加俸加銜，也不行以親故讚其成，非大臣謀國之忠。”

立刻就被明內閣首輔奏辯道“當初陛下閱視此地時，都察院江西道監察禦史李大人、都察院河南道監察禦史江大人，可並沒有說起此事，若輕易更動乃輔臣召對之典，自孝廟後至是再舉。”

由此引起了明神宗的注意。

6月17日四川都指揮使司敘州府敘南衛建武守禦千戶所，參加嘩變的士兵將領，明建武守禦副千戶：範泰龍、明建武守禦千戶所鎮撫使：李德，等十餘人被殺，並傳首所部兵營。

又有四川承宣布政使司龍安府平武縣楊柳蕃人進犯鬆潘衛金瓶堡，以及成都府茂州蕃人聯合起來集結成48寨，北上進犯疊溪守禦千戶所與疊溪長官使司、普安堡、歸水岩，一帶導致川西震驚。

明四川巡撫：雒遵，得知消息後急忙派遣明四川總兵：李應祥，率兵前去征討，以防叛軍擴大戰局騷擾軍民。