正月28日，大明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主：南達勃因（漢名：莾應裡）再次率軍喬裝打扮，以之前的道路行軍進犯雲南承宣布政使司永昌軍民府、騰越州，一帶地區。

明雲南副總兵：萬國春，連夜設立火炬為疑兵，出動騎兵恐嚇緬軍，在發火炮打退象軍，驅逐入侵緬軍出境外。

並追擊到莫蠻安撫使司，擊敗其眾。

6月13日，安土桃山幕府關白先是利用自己的關白（丞相）職位，向安土桃山幕府後陽成天皇：周仁，下令派遣使者對馬島國藩主：宗義智，跨過朝鮮海峽前往李氏朝鮮王國，商談借道朝貢大明之事。

以之前明嘉靖二年公元1523年浙江承宣布政使司寧波府「寧波衛爭貢事件」為由再次向大明帝國進貢。

在派出安土桃山幕府對馬島國藩主：宗義智，作為使者前去通告李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，表示幕府使團將於次年春天假道李氏朝鮮前去進貢（進攻）大明帝國，並請予以協助配合。

並且由關白殿下致書李氏朝鮮郡王，書信寫道“幕府關白：豐臣秀吉，謹答李氏朝鮮國王足下，吾邦諸道，久處分離，廢亂綱紀，格阻帝命，秀吉為之憤激，披堅執銳，西討東伐，以數年之間，而定六十餘國。秀吉鄙人也，然當其在胎，母夢日入懷，占者曰：‘日光所臨，莫不透徹，壯歲必耀武八表。’是故戰必勝，攻必取，今海內既治，民富財足，帝京之盛，前古無比。夫人之居世，自古不滿百歲，安能鬱鬱久居此乎？吾欲假道貴國，超越山海，直入於明，使其四百州儘化我俗，以施王政於億萬斯年，是秀吉宿誌也。凡海外諸藩，役至者皆在所不釋。貴國先修使幣，帝甚嘉之，秀吉入明之日，其率士卒，會軍營，以為我前導。”

然而李氏朝鮮作為大明帝國的藩屬國，因奉大明為宗主國不敢背叛為由而拒絕，畢竟倭寇在東南沿海劫掠人人得而誅之。

然而實際上是並非如此，這隻是對李氏朝鮮王國的花言巧語罷了！真正的目地則是借道李氏朝鮮，出兵攻打大明帝國，再以大明帝國作為跳板進攻莫臥爾帝國（印度蒙兀兒王朝）這樣既滿足了統一幕府藩國之後無地分封，又能滿足自己滅了亞歐五大帝國；西班牙哈布斯堡王朝、薩法維王朝（伊朗王朝）、奧斯曼帝國（土耳其帝國）、大明帝國、莫臥爾帝國，其中的兩個。

此舉直接遭到了李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，的拒絕，認為安土桃山幕府帶這麼多人借道過鴨綠江，前往遼東都指揮使司這根本就不是去朝貢？而是前去攻打大明帝國。

因此不同意安土桃山幕府關白：豐臣秀吉，的請求，再加上當時的李氏朝鮮八道武備廢弛，李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，又重文輕武，導致國內各派內鬥激烈，以致於；國人不知兵二百餘年，由此引發了後續的戰爭。

不過李氏朝鮮郡王也把此事寫成奏折上報給了大明帝國。

6月30日，南直隸蘇州府、鬆江府，發生大水，淹死數萬人。

7月17日，南直隸蘇州府、鬆江府、常州府，以及浙江承宣布政使司寧波府、紹興府，瀕海地區又發生大風雨，海溢傷害莊稼，淹死人畜不計其數。

同時明太子太保兼武英殿大學士：許國，上疏稱“今四夷交犯，而內外小臣爭朝務攻擊，致大臣紛紛離去，誰能再為國效力？請申諭諸臣，各修職業，不得意氣用事，攻擊大臣。”

明神宗：朱翊鈞，得知後，立即告誡六部和都察院官員們，下令道“近來或卑淩尊，或新間舊，或僚屬而製官長，或長吏而排閣臣，致使國事紛紛，朝納混亂，大臣解體，爭欲去官，國無其人，朕與誰共理國事！今後再有肆行誣蔑大臣者將重治不貸。”

7月24日，明福建按察僉事：李琯，上疏彈劾論前任明內閣首輔：申時行，十大罪！其一；明鹽城縣訓導：龐尚鴻，奏壽宮（明神宗選擇的陵墓）有水、不吉利，但明內閣首輔卻置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，謀擁立之功。其三；請陛下下詔禁言路。其四；將明南直隸國子監司業：劉應秋、明廣東布政使司右參議：章守誠、明南直隸吏部驗封清吏司主事：蔡時鼎，告發自己罪狀的奏折留中不發，其欺君罔上行為甚於張閣老。其五；其子：申用嘉，假冒籍貫，中浙江承宣布政使司鄉試、其婿：李鴻，假冒籍貫納監，村民：沈璟強、汪讓，代為取中。其六；縱容家人：宋九通，賄納京衛經曆使司，未嘗曆俸，竟得雙封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都禦史：郜光先，之賄金，而私授他為總製陝西三邊總督軍務官職，致使敵寇盤跨兩川。其八；私收明遼東總鎮總兵：李成梁，賄金為他掩蓋敗績，陣亡八百人，竟反以奏捷議賞。其九；為明湖廣巡撫兼都察院右副都禦史：秦耀，報私怨，而暗中排擠明吏部尚書：宋琯，為明金門備禦千戶：徐春時，複私仇，而排斥明吏科左給事中：張養蒙。其十；接受被罷官回府聽候處理的明漳州府知府：胡繼新，之珠寶而私自將其留用，接受因罪被審問的明神武中衛指揮僉事：李時孝，之寶玉，而免去其罪。

最後還列舉了明文淵閣大學士：王錫爵，的諸多不法事件，稱其與前任明內閣首輔：申時行，是；同惡相濟、宜並罷斥，以正欺蔽之奸。

在明福建按察僉事：李琯，將奏折呈上去後，明武英殿大學士：許國，立刻辯說法司彈劾閣臣無先例。

於是明神宗傳令由；六部、六科，進行私議，處決把李琯革職為民。

8月初9日，南直隸鳳陽行都督府泗州以及泗州衛大水，淹沒衛指揮所公署三尺深，溺死軍民無數，且浸及鳳陽行都督府祖陵〈孝陵衛〉。

為此明工部尚書：曾同亨，奏報此事上朝堂惹得群臣們議論紛紛，明神宗遂命明工科給事中：張貞觀，前往鳳陽行都督府泗州衛勘視水勢。

9月12日，河套打兒漢子部首領：土昧，與河套永謝部首領：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市請求，複開臨邊要賞，聲犯內地以求赦書。

這引起了坐鎮在陝西承宣布政使司的，明兵部尚書兼陝西三邊總督：魏學曾，的注意他特地傳令讓，明延綏總鎮總兵：杜桐，率軍出擊斬殺河套永謝部首領。

很快明延綏總鎮總兵：杜桐，就與明延綏總鎮巡撫：賈仁元，用計先出兵奇襲河套永謝部逼出首領追擊。

在讓明榆林衛右參將：張剛，出延綏總鎮鎮羌守禦千戶所神木縣，明鎮羌守禦千戶所遊擊將軍：李紹祖，自延綏總鎮孤山堡出擊，主力方面由明延綏總鎮總兵：杜桐，率領輕騎自延綏總鎮榆林衛，三道並進夾擊敵寇。

明軍一遭遇到河套永謝部就力戰，大破敵軍斬首四百七十三人，河套永謝部首領：唐兀·明安，被明軍火銃隊射殺。

消息傳開之後，河套部駐紮的漠南蒙古各部就像炸開了鍋一樣，以原大明襖兒都指揮使司，現今河套鄂爾多斯部為主打頭陣，打算對明軍進行報複，自此陝西承宣布政使司兵端複開。

河套永謝部首領之子：唐兀·擺言太，日思報複大明，打算聯合明襖兒都指揮同知：孛兒隻斤·卜失兔（大明順義郡王兼漠南蒙古土默特部首領：孛兒隻斤·扯力克，長子）、漠南蒙古多羅土蠻部首領：孛兒隻斤·火落赤、河套鄂爾多斯部忙忽軍民千戶：壘青古拉齊（鐵雷）、河套鄂爾多斯部萬戶兼吉能：孛兒隻斤·諾延達喇，河套鄂爾多斯部乾魯忽奴千戶：孛兒隻斤·切儘黃台吉、漠南蒙古敖漢部首領：孛兒隻斤·小歹青，等部進攻大明帝國。

導致明延綏總鎮總兵：杜桐，先是被朝臣給彈劾罷免，後又以功勞，授封為「右軍都督府都督僉事」。

10月初1日，明工部尚書：曾同亨，督工，請「清皇內府工匠」由其弟明光祿寺少卿：曾乾享，上疏請求；裁冗員以裕經費。

京營各路武官聽信流言，誤以為欲減其俸糧，共同起事擁兵從內城直入左右長安門，欲向皇城內的內閣群臣們控訴情況，恰好偶遇明工部尚書出朝至此，遂鬨嚷大嘩圍而辱之。

明兵部尚書：石星，聞訊立即前往，傳旨宣布解散鬨事京營武將，並且懲罰掌管後軍都督府事的明太子太保兼定國公：徐文璧，被奪俸半年，守門官由法司提審問罪。

同時明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成梁，隨著他官場的不斷發展，為越發變得貴極而驕，奢侈無度，全遼的商民之利他都攬入自己名下，從此他結交權門和朝廷的官員。

在11月初9日，被明都察院山東道監察禦史：張鶴鳴，給彈劾，不成想明神宗直接就罷免了李成梁在遼東都指揮使司的職務，僅僅以大明寧遠伯的身份讓李成梁來朝覲見。

之前明寧遠伯：李成梁，在遼東都指揮使司的時候，所立的戰功大多數都是在塞外，很容易緣飾真實情況。

如果敵寇進入內地，就以堅城清野作為依托，擁兵觀望形勢然後出擊，甚至可以掩飾敗績變為功勞，殺良民冒充敵軍的首級，也是常有之事！

導致閣部的官員們都被他所蒙蔽，總督、巡撫、監察禦史，稍微有與他忤逆的意思，就被他排擠出去，以至於都不能檢舉他的不法行徑。

先後有明遼東巡按兼都察院山西道監察禦史：陳登雲、明都察院河南道監察禦史：許守恩，得到了他殺降冒功的罪證，想要上奏，卻被明遼東巡撫兼都察院右僉都禦史：李鬆、明都察院右副都禦史：顧養謙，等人的阻止。